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Bioskryb OME 单细胞全基因组和全转录组解决方案

产品详情

根据分子生物学的中心法则，如果说转录组表达量的高低是“结果”，那么要想找到导致这种结果的“原因”，我们需要在基因组的层面上进行研究。单细胞转录组测序提高了我们研究的分辨率。但是单细胞基因组测序，依然是困难重重。

其核心痛点在于如何将单个细胞核内极其微量的 DNA 高保真、高均一和高产率地扩增至可测序水平，从而实现在单个细胞水平对多种基因变异类型进行高清分析的目的。在获得高质量的单细胞全基因组数据，还能同时拿到该细胞的转录组数据更是锦上添花。

现如今BioSkryb 公司推出的ResolveOME产品正在帮我们实现单细胞水平同时获得全基因组和全转录组高质量的多组学数据，从而满足辅助生殖、遗传病、肿瘤学、神经学、细胞学和感染病等研究领域的前沿应用需求。

接下来，让我们一起了解下这款产品吧！

产品优势

同时获得全基因组和转录组多组学数据

对单个细胞同时构建全基因组和mRNA转录组文库

高基因组覆盖度和分辨率

模版定向扩增技术，基因组覆盖度达97%

高转录组捕获和覆盖

与基于液滴的RNA测序方法相比，增加了转录组的检出

符合已有的实验室流程

兼容各种单细胞测序方法，测序平台和下游应用，包括全外显子组和自定义Panel的测序

生物信息分析

通过BaseJumper生物信息学平台进行生物信息学分析和数据可视化

相比基于液滴的测序方法，ResolveOME全基因组和转录组扩增系统获得更多数据

数据表现

使用ResolveOME产品，对同一单细胞进行基因组和转录组的扩增富集，并对扩增产物转录组cDNA和基因组DNA进行文库构建，比较多种细胞类型的性能，并以GM12878为例计算SNV的等位基因平衡、精度和灵敏度。通过以下数据我们来了解下ResolveOME产品的性能表现。

ResolveOME产品高扩增效率

我们知道单个细胞含有极其微量的RNA和DNA，如何将极其微量的RNA和DNA高质量的扩增至可建库的产量显的尤为重要。以下是使用ResolveOME产品分别对空白对照（NTC），对照品RNA，对照品DNA，GM12878单细胞，5个GM12878细胞进行扩增。由下图结果可知，同一个单细胞预扩增后，转录组水平可获得大约平均150ng cDNA，基因组水平大约可获得1500ng DNA，该产量满足后续文库构建需求。

GM12878细胞转录组和基因组扩增产量

（A）用ResolveOME对RNA和DNA同时扩增，预扩增转录组cDNA的产量

（B）用ResolveOME对RNA和DNA同时扩增，基因组DNA的产量，注：橘色样本未进行cDNA富集

ResolveOME产品单细胞转录组数据表现

ResolveOME可同时获得单细胞的全基因组数据和转录组数据，那转录组的结果是否会受到基因组的干扰，想必是大家关注的，接下来，小编带大家一起看下转录组的数据表现。

如下左图是使用ResolveOME对不同细胞系进行全长转录组分析，在GM12878单个细胞检测到的基因数量在2500到4500之间。在人乳腺癌细胞系（SUM159-PT）检测到的基因数在4000到7000。

如下右图是bulk RNA测序，ResolveOME对RNA样本建库测序，ResolveOME对单个细胞建库测序，基于液体法mRNA 3’端建库测序，可见ResolveOME对单个细胞获得的各种转录本的类型和组份不受单个细胞中基因组的影响。

图表, 条形图

描述已自动生成

ResolveOME产品单细胞基因组数据表现

单个细胞基因组含量极其微量，基因组扩增放大过程中保持基因组内杂合位点等位基因平衡是检测SNV的精度和灵敏度的一个关键因素。如下图结果表明，从ResolveOME的单细胞样本中扩增的基因组中，等位基因高度平衡。

图表, 条形图

描述已自动生成

杂合位点等位基因平衡

ResolveOME产品高灵敏度和精确度

接下来一起看看ResolveOME产品在灵敏度和精确度上的表现，如下图是使用ResolveOME对1个细胞和ResolveDNA对1个、3个、5个细胞、100pg基因组、50pg基因组进行比较分析。ResolveOME的结果显示等位基因检测灵敏度在91%以上(除了一个dropout细胞)，精确度在99%以上。